Giovanni Battista nacque e fu battezzato a Nonio, sul lago d’Orta, il 9 novembre 1585, ma della sua gioventù e infanzia non si hanno informazioni. La sua figura ricomparve nel 1612, quando, divenuto frate minore con il nome di Tommaso (fra Tommaso da Novara), fu nominato vicario custodiale di Terra Santa e si trasferì a Gerusalemme. Là, svolse un ruolo significativo nell’acquisto e la conservazione di alcuni Luoghi Santi e nello studio della lingua copta.