La storia di questa chiesa inizia nel 2009 con la posa della prima pietra da parte di papa Benedetto XVI, nel corso del suo pellegrinaggio in Terra Santa. Il progetto è stato sostenuto da numerosi benefattori, tra cui un fedele locale, Nadim Muasher, e il governo ungherese, rappresentato alla cerimonia dal segretario di Stato per l’Aiuto ai cristiani perseguitati, Tristan Azbej. La chiesa del Battesimo di Gesù appartiene al Patriarcato latino di Gerusalemme.